Mgr. Albertus Soegijapranata SJ bersama dengan Romo John Dijkstra SJ menggagas sebuah gerakan tentang pentingnya keterlibatan maupun keberpihakan semua kalangan untuk aktif dalam upaya pembangunan Bangsa dan Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Hal tersebut, turut membuat Panitia Waligereja Indonesia, pada khususnya Pengembangan Sosial Ekonomi untuk perlu memfasilitasi berdirinya suatu organisasi atau yayasan sebagai lembaga gerak dalam upaya mewujudkan preferential option together for the poor. Oleh karena itu, dipelopori berdirinya Yayasan Pembimbing Usaha-Usaha Buruh dan Tani (YPUBT) di Semarang pada tanggal 19 September 1960.
YPUBT bertujuan untuk memberi dorongan, bimbingan, bantuan, dan pendampingan berkelanjutan bagi pengembangan usaha-usaha sosial ekonomi, terutama yang berasal maupun bergerak dalam lingkup perburuhan dan pertanian dalam arti yang seluas-luasnya.
Pada masa krisis multidimensi yang melanda Indonesia menjelang akhir tahun 1990an, jumlah masyarakat miskin semakin meningkat tajam sehingga tergerak untuk membangkitkan kembali panggilan untuk melayani mereka yang kecil, lemah, miskin, dan tersingkir.
YPUBT menggerakan kembali pelayanan berupa pendamping bagi para Buruh dan Tani, yang kemudian juga memasuki kawasan Nelayan. Alhasil, terjadi perubahan nama menjadi Yayasan Pendamping Usaha-Usaha Buruh Tani Nelayan pada tahun 1997. Nama lembaga pun pada kemudian hari menyesuaikan dengan menjadi Lembaga Pendamping Usaha Buruh Tani Nelayan (LPUBTN)